O Museu Dr. João Calado Rodrigues possui um acervo que integra quatro núcleos: história natural, etnografia, arte sacra e arqueologia.

O núcleo de História Natural é dominado por uma importante colecção de fósseis, provenientes de formações do Pré-Câmbrico da região.

O núcleo etnográfico, que integra exemplares de cultura material de algumas profissões tradicionais, bem como exemplares de Arte Africana, foi excluído do edifício sede do Museu de Arte Pré-Histórica e do Sagrado do Vale do Tejo e encontra-se nas reservas do Museu instaladas no edifício do Insituto Terra e Memória

 O núcleo de Arte Sacra é limitado a algumas peças de valor desigual, entre as quais se destaca uma Trindade seiscentista. 

O núcleo arqueológico é o mais importante, e integra actualmente cerca de 4.000 existências, provenientes de prospecções e de escavações, incluindo alguns contextos significativos (Estação Paleolítica da Lagoa do Bando Povoados de Penhascoso e Zimbreira e Castelo Velho do Caratão, Antas da Foz do Rio Frio e da Lajinha, “Castro” de S. Miguel, termas romanas de Vale do Junco, Arte Rupestre) e achados isolados com valor patrimonial (especialmente da Idade do Bronze). 

  • Alabarda
  • Placa de xisto
  • Ponta
  • bastão
  • braçal

O acervo documental é igualmente importante, merecendo destaque a documentação de arte pré-histórica (pinturas e gravuras).  

As colecções de arqueologia encontram-se em rápida expansão, mercê da actual dinâmica de investigação do Museu, tendo crescido cerca de 70% entre 2001 e 2003. Elas suportam o programa expositivo do Museu.

Devido às limitações do espaço disponível no Museu, bem como ao facto de se encontrar articulado em rede com outras entidades, as incorporações no Museu, com raras excepções, restringem-se ao Concelho de Mação, situação que se prevê alterar num futuro próximo. Ao nível documental e de pesquisa, a área de intervenção do Museu alarga-se ao complexo de arte rupestre do Tejo, para além das fronteiras municipais, e a todo o Alto Ribatejo (no quadro das parcerias estabelecidas com o CEIPHAR).