A idealização do Museu surgiu em 1943 na sequência do importante achado arqueológico do Porto do Concelho, por iniciativa de João Calado Rodrigues e contando com o apoio da Câmara Municipal. Em 1967 Maria Amélia Horta Pereira foi convidada a estudar a colecção e a elaborar um projecto de Museu, que só viria a ser concretizado em 1986, altura em que abriu ao público (dirigido pela referida conservadora de museu), com colecções de arqueologia, etnografia e a arte.

O novo ciclo do Museu iniciou-se em 2000 com a descoberta a 6 de Setembro de gravuras rupestres no vale do Rio Ocreza. Decorrente desta descoberta e com uma nova direcção e uma equipa mais alargada, iniciou-se uma necessária reorganização e inventário do Museu e foi delineado um programa para o Museu, apoiado por uma Comissão Internacional de Acompanhamento. O tema central do museu passou a ser a arte rupestre e as temáticas do simbólico e do sagrado ao longo do tempo, articuladas com a ideia de risco e paisagem: a arte que é um risco na paisagem, que por sua vez está em risco.

Entre Agosto de 2003 e Março de 2005 todo o edifício foi reestruturado e foi inaugurada a exposição Um risco na Paisagem – Artefactos, lugares e modos de vida nas origens do agro-pastoralismo, apoiada numa pequena parte das colecções do Museu, centrando-se nas origens da agricultura e da arte. Este tema foi seleccionado por um lado porque este é um acervo de importância nacional (Mação situa-se no eixo central de atravessamento do Rio Tejo por comunidades que optam pelo agro-pastoralismo, sendo cruciais para a compreensão de tal processo diversos sítios situados no Concelho), e por outro porque a agricultura e o trabalho da terra são as bases identitárias das populações, possibilitando um discurso antropológico perceptível para os visitantes. Por outro lado no actual edifício não há condições para expor as restantes colecções, quer no que concerne aos restantes módulos de arqueologia e arte da proto-história à modernidade (incluindo a plena expansão dos módulos de Paleolítico e Ambiente), quer no que respeita à etnografia (que ocupará um espaço museográfico separado, no futuro, como pólo autónomo do Museu), com a dignidade que merecem.

A lógica da reestruturação foi, desde o início, paralela às preocupações dominantes na esfera do património: o eixo não foi nem a conservação das colecções e sítios, nem a investigação, e sim a criação de uma dinâmica de construção de conhecimento difusa, catalisada pelo património arqueológico. Neste quadro, as necessidades de conservação e de investigação surgiram como instrumentos para uma apropriação social de qualidade do património arqueológico, que em última análise era, e é, considerada por sua vez como um instrumento de cidadania, num quadro do que viríamos a designar por Gestão Integrada do Território, ou seja, de uma intervenção na cultura e património que visava ir para além dessas dimensões, contribuindo para combater a alienação e fomentar a consciência crítica dos cidadãos na articulação das dinâmicas sociais, ambientais e económicas.

O Museu, nas suas várias exposições, desenvolve uma cadência conceptual que retoma sempre as mesmas temáticas, a partir de pontos de vista e de suportes sensoriais distintos: tempo (origens da agricultura, mudanças climáticas e ambientais, inovações culturais a artísticas), espaço (o Tejo, os recursos naturais e sociais) e causalidade (a liberdade de escolha e as suas condicionantes, a inovação e o papel central da tecnologia e da educação para a espécie humana). Em 2011, uma nova exposição, emergindo das colecções dos espaços de memória que se foram constituindo com as populações das oito freguesias de Mação, assinalou a partir de Agosto um encontro conceptual e tecnológico entre o saber académico e o conhecimento secular e a identidade plural da sociedade. A arqueologia e a pré-história são afirmadas como instrumentos úteis para a sociedade actual, na construção de novas estratégias adaptativas e novas soluções de governança.

Em 2013 o Museu iniciou uma nova etapa, com o projeto Gesto, Risco e Paisagem. Foi reorganizada a exposição permanente, em torno da temática da gestualidade na construção da paisagem e dos objectos e obras de arte. Assim, prolongou-se o discurso inaugurado em 2002 e reforçado em 2003, em torno do comportamento humano e das suas condicionantes. Mas o ponto de partida da atual visita não são as condicionantes das escolhas humanas, mas antes as potencialidades do gesto que cria, modifica, comunica ou destrói (performance). Até final de 2014 o Museu foi ainda palco de oficinas, exposições, eventos e programas de socialização do conhecimento mais ambiciosos. Todo este processo foi acompanhado de uma crescente colaboração com outras entidades em Mação, como o Agrupamento de Escolas Verde Horizonte, a Biblioteca Municipal ou a Universidade Sénior. Esta rede local reforçada, tem-se vindo a articular com a rede nacional e internacional do Museu, que envolve também a parceria com o Instituto Politécnico de Tomar e com mais de 50 universidades da Europa, Américas, África e Ásia.

É este processo de colaboração e convergência que substancia o reconhecimento de Mação, em 2016, como membro da “Rede UNESCO de Cidades da Aprendizagem”.