O objectivo central do Museu é o de combater a alienação, estimulando o racicocínio crítico e socializando o conhecimento.

O seu discurso centra-se nos processos de constituição do “mundo rural”, ou neolitização, porque eles permitem uma discussão que ilustra a importância de entender o passado para discutir o presente, articulando conhecimentos sobre as modificações climáticas e ambientais, a tecnologia, a arquitectura, a arte e as diferentes comunidades que se conseguem identificar. Este objectivo foca as evidências do Médio Tejo e de Mação, mas apoia-se também em pesquisas que o Museu desenvolve na América do Sul (Brasil, Chile, Colômbia, Costa Rica, El Salvador), na Europa (Espanha, Grécia) e em África.

O projecto está em constante actualização, e destaca a importância do gesto humano na construção da paisagem, cruzando a investigação (arqueologia em particular, acolhendo em parceria cursos de Mestrado e de Doutoramento internacionais), educação (com destaque para os projectos “Andakatu” e "Espaços de Memória"), e experimentação (sendo hoje referência internacional na criação de plataformas de didáctica da tecnologia para a sustentabilidade).

Este tripé encontra-se articulado com o programa do Município de Mação nas vertentes da segurança social (em particular de idosos), gestão florestal e promoção de produtos locais. Desta forma, o Museu intervém globalmente no domínio socio-económico, com foco na educação e formação, usando para o efeito as artes e a tecnologia, como estratégia global e integrada de desenvolvimento e de combate à desertificação.