O novo ciclo do Museu iniciou-se em 2000, após a descoberta de gravuras rupestres no vale do Rio Ocreza. Daí em diante, uma nova direção e uma equipa mais alargada, iniciou a reorganização e o inventário. O tema central do museu passou a ser a arte rupestre e as temáticas do simbólico e do sagrado ao longo do tempo, articuladas com a ideia de risco e paisagem.

De agosto de 2003 a março de 2005 todo o edifício foi reestruturado e foi inaugurada a exposição “Um risco na Paisagem – Artefactos, lugares e modos de vida nas origens do agro-pastoralismo”. Este tema foi selecionado porque este é um acervo de importância nacional (Mação situa-se no eixo central de atravessamento do Rio Tejo por comunidades que optam pelo agro-pastoralismo e também porque a agricultura e o trabalho da terra são as bases identitárias das populações, possibilitando um discurso antropológico percetível aos visitantes.