A idealização daquilo que viria a ser o atual Museu de Mação surgiu em 1943, na sequência do importante achado arqueológico do Porto do Concelho, iniciativa de João Calado Rodrigues, que contou com o apoio da Câmara Municipal. Em 1967, Maria Amélia Horta Pereira foi convidada a estudar a coleção e estruturar um projeto de Museu, que só viria a ser concretizado em 1986, altura em que abriu ao público (dirigido pela referida conservadora), com coleções de arqueologia, etnografia e arte.

O novo ciclo do Museu iniciou-se em 2000, após a descoberta de gravuras rupestres no vale do Rio Ocreza. Daí em diante, uma nova direção e uma equipa mais alargada, iniciou a reorganização e o inventário. O tema central do museu passou a ser a arte rupestre e as temáticas do simbólico e do sagrado ao longo do tempo, articuladas com a ideia de risco e paisagem.

De agosto de 2003 a março de 2005 todo o edifício foi reestruturado e foi inaugurada a exposição “Um risco na Paisagem – Artefactos, lugares e modos de vida nas origens do agro-pastoralismo”. Este tema foi selecionado porque este é um acervo de importância nacional (Mação situa-se no eixo central de atravessamento do Rio Tejo por comunidades que optam pelo agro-pastoralismo e também porque a agricultura e o trabalho da terra são as bases identitárias das populações, possibilitando um discurso antropológico percetível aos visitantes.